根管治療（根の中の治療）は、マイクロスコープが最も必要とされる治療のひとつです。
歯の中にある根管は、非常に複雑で細かい形態をしているにもかかわらず、従来は、”手探り”で、手指の感覚だけを頼りに治療を行ってきました。
しかし、マイクロスコープを使用することにより、歯の内部を拡大視し、直接根管内を見ながら正確に治療が行うことが可能となるため、従来では考えられないような細部の治療も可能となり、治療のレベルを格段に向上させることができます。

マイクロスコープを使用することで細部まで確認でき、外科処置において傷口を小さくできるなど、低侵襲性の治療が可能になります。術後の痛み・腫れの軽減、治癒期間の短縮など、外科処置による負担を軽減できます。 また、治療による負担が軽減することによって、通院回数の軽減にもつながります。

虫歯の治療にマイクロスコープを活用することによって、虫歯の部分のみを削り、大きく歯を削ることなく削る歯の量を最小限に抑えられます。また、虫歯の取り残しを防ぐことができ、歯を削る際に周囲の組織にダメージを与えることもありません。 さらに、より精度の高い詰め物（インレー）・被せ物（クラウン）の製作も可能になり、歯と補綴物の間に隙間ができるのを防ぐこともできます。